Los protistas son ademas fundamentales en el ciclo del nitrógeno: ciertas bacterias son capaces de fijar el nitrógeno del aire y convertirlos en amoniaco y otras, posteriormente en nitrato sustancias que las plantas puedan utilizar así mismo se estima que las arqueas juegan un papel en estos procesos.
Muchos protistas son fuentes de alimentos para otros microorganismos y también los hay que viven en simbiosis con plantas y animales por ejemplo rhizobium unas de las bacterias que fijan nitrógeno de la atmósfera vive de las raíces de leguminosas como la caraota y suministra a la planta compuestos nitrogenados a su ves recibe de ella azucares las vacas no serian capaces de aprovechar la celulosa del pasto si no fuera por las bacterias que habitan en su aparato digestivo y la procesan lo mismo sucede con las termitas por si misma ellas no pueden digerir la madera y depende de bacteria de su intestino para ellas existen también como señalamos bacterias parácitas de plantas animales y otros organismos que causan daños a su estructura y hasta la muerte.
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