Estos microorganismos tiene la estructura básica de toda célula eucariota, donde destacan la presencia de núcleo y de organelos, como mitocondrias y retículo. La diferencia entre los representantes de los protistas unicelulares radican en los siguientes aspectos:
- El tamaño es diverso entre estos microorganismos, pueden medir desde varios micrómetros hasta incluso algunos milímetros.
- Las estructuras de movilización pueden ser de tres tipos principalmente. Los pseudópodos son prolongaciones del citoplasma que se deslizan por las superficies facilitando el movimiento, un ejemplo de un protista con pseudópodos es la amiba. Otra estructura de locomoción son los cilios, que sonsiste en unas fibras proteicas cortas que ondulan y generan el movimiento en el agua, así se moviliza el paramecium. Los flagelos son estructuras con forma de látigo que al ser batidos producen la movilización del eucarionte (como en el caso del parásito productor del mal de chagas, Trypanosoma). Algunos protistas no poseen estructuras de locomoción y a veces se movilizan por una sustancia viscosa que poseen en su parte mas externa.
- La forma de obtener los nutrientes depende de las adaptaciones del protista. Algunos representantes son fotosintéticos, otros parásitos de plantas y animales. también están los que se alimentan por absorción, o por endocitosis, y aun otros presentan estructuras complejas que funcionan como un surco oral.
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